สรุป
เกิดขึ้นไม่กี่ปีหลังจากมังงะ Ghost In The Shell ภาคแรก The Major หายไปตั้งแต่นั้นมาและ Ghost in the Shell 2 ตามหา Motoko Aramaki ผู้ลึกลับในขณะที่เธอดำเนินการสอบสวนเหตุการณ์ที่โรงงานผลิตอวัยวะและผลที่ตามมา เธอกำลังดำเนินการเพื่อสะสางความยุ่งเหยิงและช่วยตัวเองในกระบวนการนี้ ในขณะเดียวกันอดีตสมาชิกของภาค 9 ก็สืบหาโมโตโกะเพื่อค้นหาว่าแท้จริงแล้วเธอคือใคร