พี่น้องแสดงเทคนิคการเล่นแร่แปรธาตุที่ถูกห้ามในการแปลงร่างของมนุษย์ในความพยายามที่จะฟื้นคืนชีพของเธอเมื่อ Trisha เสียชีวิตด้วยโรคระบาด เป็นผลให้การแปลงร่างกลับตาลปัตรและตามกฎหมายด้วยการแลกเปลี่ยนที่เท่าเทียมกัน ขาซ้ายและร่างของเอ็ดเวิร์ดของอัลฟองส์ก็ถูกทำลาย เอ็ดเวิร์ดสูญเสียแขนขวาเพื่อช่วยวิญญาณของอัลฟองส์ โดยมัดมันไว้ด้วยเลือดที่ผนึกไว้ในชุดเกราะ รอย มัสแตงเชิญเอ็ดเวิร์ดมาเป็นวิธีการฟื้นฟูร่างกายของอัลฟองส์เพื่อให้นักเล่นแร่แปรธาตุแห่งรัฐวิจัย เอ็ดเวิร์ดได้รับชัยชนะ และกลายเป็นชื่อตามแขนขาเทียมของเขา นั่นคือ Fullmetal Alchemist
สามปีต่อมา พวกเอลริคออกตามหาศิลาอาถรรพ์ในตำนานเพื่อบรรลุเป้าหมายของพวกเขา มาร์โกห์ส่งบันทึกของเขาเพื่อให้พวกเขาพบ อย่างไรก็ตาม พวกเขาเรียนรู้ปัจจัยสำคัญในการทำให้ศิลาคือการเสียสละของมนุษย์ เมส ฮิวจ์ เพื่อนของมัสแตง ดำเนินการค้นคว้าต่อไป แต่ถูกยิงเสียชีวิตด้วยความอิจฉาที่ปลอมตัวมาในการค้นหากลยุทธ์ของโฮมุนคูลี
เมื่อเห็นอิซึมิ เหล่า Elrics ก็ได้เรียนรู้ว่าเธอได้กระทำการแปรรูปมนุษย์กับลูกที่ยังไม่คลอดของเธอ พวก homunculus อันธพาล Greed จับตัว Alphonse ได้ แต่ได้รับการช่วยเหลือจาก King Bradley ประธานาธิบดีของ Amestris ซึ่งแสดงให้เห็นว่าทำหน้าที่เป็น homunculus Wrath ความโลภจึงถูกหลอมละลายและดูดกลับเข้าไปในบิดาผู้ริเริ่มโฮมุนคูลี วินรี่และพวกเอลริกกลับไปที่เซ็นทรัลซิตี้เพื่อไปอยู่กับฮิวจ์แต่ได้รู้ข่าวการจากไปของเขา ผู้หมวดมาเรีย รอสส์ถูกใส่ร้ายในข้อหาฆาตกรรมฮิวจ์ แต่เห็นได้ชัดว่าถูกมัสแตงฆ่า แต่เอ็ดเวิร์ดรู้ว่าการจากไปของรอสส์มีการจัดฉากไว้เพื่อที่เธอจะถูกมัสแตงลักลอบนำเข้าจากสหรัฐอเมริกาไปยังซิง โดยได้รับความช่วยเหลือจากเจ้าชายซิงเกส หลิงเหยา โฮเฮนไฮม์ได้พบกับเอ็ดเวิร์ดอีกครั้งแต่ดูถูกเขาที่ไม่ได้อยู่ในบ้านมานาน
ในขณะที่การเล่าเรื่องดำเนินไป Homunculi ก็พบกับตัวละครเอกซ้ำแล้วซ้ำเล่า มัสแตงฆ่าตัณหา มัสแตงและหลิงจับคนตะกละได้ แต่สุดท้ายเขาก็ใช้ความอิจฉาจนหมดสติ และเอ็ดเวิร์ด ท้องเหมือนหลิง ความตะกละพาอัลฟองส์ไปพบพ่อ แต่หลิงกลายเป็นโฮมุนครุส โดยเฉพาะร่างอวตารใหม่ล่าสุดของกรีด เมื่อคนอื่นๆ หนีออกจากท้องของคนตะกละ พวกเอลริกได้รับการปล่อยตัวเพื่อไล่ตามต่อไปโดยที่พ่อไม่ได้ต่อต้านพวกเขา
ขณะค้นหาอุโมงค์ใต้ดินใต้บริกส์ นายพลโอลิเวียร์ อาร์มสตรองพบว่าคุณพ่อและพวกเอลริกกำลังสร้างกลุ่มแปลงร่างระดับชาติและตั้งใจที่จะมอบพลเมืองของตนเพื่อที่เขาจะได้ก้าวขึ้นสู่ความเป็นพระเจ้า ความโลภฟื้นคืนการทรยศต่อพ่อและความทรงจำในอดีตของเขา โดยร่วมมือกับอาตเตอร์และเอ็ดเวิร์ด สมุนไคเมราของคิมบลี โฮเฮนไฮม์ โฮเฮนไฮม์เปิดเผยกับลูกชายเป็นรายบุคคลว่าเขาไม่ใช่มนุษย์ แต่พ่อได้กลายมาเป็นศิลาอาถรรพ์ที่มีชีวิตโดยพ่อเมื่อสี่ร้อยปีก่อน
วันแห่งสัญญามาถึงและพ่อเตรียมที่จะเริ่มกลยุทธ์ของเขาโดยมีคราสและผู้ที่พยายามแปลงร่างมนุษย์ถือเป็นการเสียสละของเขาที่จำเป็น ตัวละครเอกหลายคนขัดแย้งกับสมุนของพ่อ โดย Homunculi ทั้งหมดจะหมดอายุ หลังจากบังคับมัสแตง เช่นเดียวกับพวกเอลริก อิซึมิ โฮเฮนไฮม์ก็ถูกรวบรวมเนื่องจากสาเหตุที่พ่อเริ่มการแปลงร่างระดับชาติ อย่างไรก็ตาม สการ์และโฮเฮนไฮม์กระตุ้นให้ชาวอเมสเตรียนได้รับการช่วยเหลือด้วยมาตรการตอบโต้ ความโลภถูกทำลายโดยพ่อ แม้ว่าพ่อจะต้องเผชิญหน้าเหนือพื้นดินซึ่งตัวเอกต่อสู้กับเขาเพื่อทำลายศิลาอาถรรพ์ของเขา
อัลฟองส์ซึ่งชุดเกราะของเขาพังไปหมดแล้วจากความขัดแย้งครั้งสุดท้ายกับพ่อ ได้มอบจิตวิญญาณของเขาเพื่อยึดแขนขวากลับคืนมา ซึ่งในทางกลับกัน ผู้ที่ทำลายศิลาของพ่อ และส่งเขากลับไปยังประตูอันบริสุทธิ์แห่งความจริงของเอ็ดเวิร์ด เอ็ดเวิร์ดสูญเสียพลังในการเล่นแร่แปรธาตุเพื่อฟื้นฟูวิญญาณและร่างกายของอัลฟองส์ โฮเฮนไฮม์เห็นหลุมศพที่เขาตายโดยมีทริชายิ้ม
