สรุป
เรื่องราวเกิดขึ้นไม่กี่ปีหลังจากมังงะเรื่อง Ghost In The Shell เรื่องแรก Major หายตัวไปตั้งแต่นั้นมา และ Ghost in the Shell 2 ติดตาม Motoko Aramaki ผู้ลึกลับ ในขณะที่เธอทำการสืบสวนเหตุการณ์ที่โรงงานผลิตอวัยวะและผลที่ตามมา เธอกำลังวิ่งหนีเพื่อทำความสะอาดความยุ่งเหยิงและช่วยตัวเองในกระบวนการนี้ ขณะเดียวกันอดีตสมาชิกของแผนก 9 ก็สอบสวนโมโตโกะเพื่อค้นหาว่าเธอเป็นใครจริงๆ